Μετά το τέλος της μάχης της Κρήτης, στα Ανώγεια βρέθηκαν και κρύφτηκαν αρκετοί Εγγλέζοι στρατιώτες, μέχρι που κατόρθωσαν και έφυγαν στην Μέση Ανατολή όπου πολέμησαν με τους συμμάχους ως το τέλος του πολέμου. Αυτούς τους μήνες παράλληλα με την κινητικότητα στα Ανώγεια, παρόμοια κινητικότητα παρατηρείται σε όλη την Κρήτη και έτσι έχουμε την ίδρυση πολλών Αντιστασιακών Οργανώσεων όπως αυτή του Μανώλη Μπαντουβά, του Πετρακογιώργη, του Αντώνη Γρηγοράκη ή Σατανά στον Κρουσώνα, του Ραυτόπουλου στην Βιάννο, του Ανδρέα Παπαδάκη και άλλων. Σε αυτές τις οργανώσεις συμμετείχαν ή συνεργάζονταν και Ανωγειανοί που ζούσαν στις αντίστοιχες περιοχές. Όλες αυτές οι οργανώσεις είχαν στενή συνεργασία με την οργάνωση των Ανωγείων, ενώ διατηρούσαν ταυτόχρονα στενή επαφή με τους εκπροσώπους του Συμμαχικού Στρατηγείου Μέσης Ανατολής Άγγλους και Αμερικάνους εκπροσώπους ως το τέλος της Κατοχής.

Τον Αύγουστο  του 1941 η οργάνωση της ΕΑΔ αποφάσισε την δημιουργία ένοπλης ομάδας που ονομάστηκε Ανεξάρτητη Ομάδα Ανωγείων (Α.Ο.Α), με λημέρι την Κορακόπετρα και αρχηγό τον Γιάννη Δραμουντάνη (Στεφανογιάννη). Το φθινόπωρο του ’41 και τον χειμώνα του ’42 οι οργανωτικές κινήσεις στον χώρο των Ανωγείων διευρύνονται, σχηματοποιούνται και επεκτείνονται, γεγονός που αποδεικνύει ότι το Αντιστασιακό κίνημα στα Ανώγεια, δεν πηγάζει μόνο από μια παροδική διάθεση άρνησης του εισβολέα, αλλά αντίθετα αντλεί από την βαθύτερη συνείδηση της αξιοπρέπειας και υπερηφάνειας που διακρίνει τον τόπο. Πρέπει επίσης να τονιστεί ότι οι οργανωτικές συσκέψεις των παραγόντων στα Ανώγεια δεν είναι κλειστές ούτε περιορίζονται μόνο στους κατοίκους των Ανωγείων, αλλά έχουν άμεσο ενδιαφέρον για όλη την περιοχή του Άνω Μυλοποτάμου και του Δυτικού Μαλεβιζίου.

Έτσι στις 16 Ιανουαρίου 1942 πραγματοποιείται σύσκεψη παραγόντων της ευρύτερης περιοχής στην οποία πήρε μέρος ο Άγγλος λοχαγός Τζακ Σμίθ-Χιούζ σαν εκπρόσωπος του ΣΣΜΑ, στην οποία συζητήθηκαν τρόποι συντονισμού του αγώνα στην ευρύτερη περιοχή. Η σύσκεψη αυτή έγινε γνωστή στους Γερμανούς επειδή δεν τηρήθηκε καμιά μυστικότητα, με αποτέλεσμα  το πρωινό της Κυριακής 25 Ιανουαρίου οι Γερμανοί να επιχειρήσουν την πρώτη επίθεση κατά των Ανωγείων, με δυο τάγματα, ένα από τις Μαργαρίτες και ένα από το Ηράκλειο.Μόλις είχε παίξει την καμπάνα της εκκλησίας ο Παπά Γιάννης Σκουλάς. Οι Γερμανοί σταματούν την λειτουργία σε όλες τις εκκλησίες και συγκέντρωσαν τον κόσμο στην πλατεία Αρμί. Οι Γερμανοί κύκλωσαν το χωριό, έκαναν έρευνες στα σπίτια και συνέλαβαν μερικούς κατοίκους των Ανωγείων, μεταξύ των οποίων και 5 καταζητούμενους αντιστασιακούς παράγοντες, τους οδήγησαν στα γραφεία της Γκεστάπο στο Ηράκλειο, όπου τους βασάνισαν και μετά από δυο μήνες κράτησης τους άφησαν ελεύθερους. Συνολικά συνέλαβαν και φυλάκισαν εννέα Ανωγειανούς οι οποίοι ήταν: Παπά Γιάννης Σκουλάς, Νικόλαος Σταυρακάκης ή Αεροπόρος, Χριστόδουλος Σμπώκος, Εμμανουήλ Σκουλά ή Φρουδά, Εμμανουήλ Κουνάλη, Ιωάννη Δημ. Ξυλούρη, Ιωάννη Γεωρ. Ξυλούρη, Γεώργιο Κων. Ξυλούρη και Εμμανουήλ Νικ.Ξυλούρη.

Τον χειμώνα αυτό φιλοξενήθηκαν στα Ανώγεια και πολλά μέλη άλλων οργανώσεων όπως επίσης και συγγενείς των αντιστασιακών παραγόντων από άλλες περιοχές. Την περίοδο αυτή αναπτύσσεται και πανελλήνια το αντιστασιακό κίνημα για την συγκρότηση του οποίου θα παίξει καθοριστικό ρόλο η ίδρυση του Εθνικού Απελευθερωτικού Μετώπου (ΕΑΜ) το Σεπτέμβριο του ’41, που θα διαδραματίσει σοβαρό ρόλο στην ενότητα των αντιστασιακών κινημάτων όλης της Ελλάδας. Με αυτό το αφυπνισμένο κίνημα έρχεται να δεθεί και το αντιστασιακό κίνημα της Κρήτης και των Ανωγείων. Έτσι μέσα στα πλαίσια σύνδεσης των αντιστασιακών οργανώσεων της Κρήτης με το ΕΑΜ, εκπρόσωποι του έρχονται στην Κρήτη από την άλλη Ελλάδα και συναντιούνται με όλες τις οργανώσεις της Κρήτης και πολλούς αντιστασιακούς παράγοντες.

Τον Απρίλιο του 1942 στη λημέρι της ΑΟΑ στην Κορακόπετρα πραγματοποιείται Παγκρήτια σύσκεψη όπου συμφωνήθηκε η ένταξη όλων των Αντιστασιακών οργανώσεων της Κρήτης στο ΕΑΜ. Στη σύσκεψη αυτή πήραν μέρος οι αρχηγοί των Αντάρτικων δυνάμεων του Ψηλορείτη Στεφανογιάννης, Μπαντουβάς, Αντώνης Γρηγοράκης ή Σατανάς, Νάθενας, ο εκπρόσωπος του Ρυτόπουλου Εμμανουήλ Καμπάκης, ο εκπρόσωπος του Στρατηγείου Μέσης Ανατολής Άγγλος Τομ Ταμπάμπιν, ο εκπρόσωπος του ΕΑΜ Ρεθύμνης Σωκράτης Καλλέργης και πολλοί άλλοι παράγοντες της Κεντρικής Κρήτης, των Νομών Ρεθύμνης και Ηρακλείου. Οι αποφάσεις που πάρθηκαν στην Κορακόπετρα αφορούσαν την συλλογή πληροφοριών για τα μέρη όπου είχαν εγκατασταθεί Γερμανοί, την μύηση και άλλων πατριωτών στο κίνημα, την αναπτέρωση του ηθικού του Κρητικού λαού και την οργάνωση τοπικών και νομαρχιακών επιτροπών του κινήματος. Τον Μάιο του 1942 σε σύσκεψη στην Κορακόπετρα της ΑΟΑ με τον Τομ Ταμπαμπιν αποφασίστηκε η συγκρότηση δικτύου πληροφοριών από Ανωγειανούς στο Ηράκλειο. Επίσης σε άλλη σύσκεψη με τον Ταμπάμπιν στη Μύθια και άλλων ομάδων του Ψηλορείτη αποφασίστηκε η οργάνωση σαμποτάζ εναντίον των Γερμανών και η εκτέλεση Ελλήνων προδοτών στο Νομό Ηρακλείου.

Σαν αντίποινα της εκτέλεσης ορισμένων προδοτών οι Γερμανοί τον Ιούνιο του ’42 εκτέλεσαν 12 πατριώτες, μεταξύ των οποίων και το δήμαρχο Ηρακλείου Τίτο Γεωργιάδη. Επίσης μετά το σαμποτάζ στο αεροδρόμιο Ηρακλείου από Γάλλους και Άγγλους κομάντο και τον Κρητικό Κωστή Πετράκη, οι Γερμανοί εκτέλεσαν 50 άτομα μεταξύ των οποίων συγκαταλέγεται και ο Ανωγειανός δικηγόρος Γιώργης Αθαν. Σκουλάς. Οι Γερμανοί όμως δεν θα περιοριστούν μόνο στις εκτελέσεις. Τον Οκτώβριο του 1942 θα εκτελέσουν άλλη μια ενέργεια εκφοβισμού των Ανωγειανών. Ξεκινώντας από το Ηράκλειο φτάνουν στις Γωνιές όπου σε έλεγχο ταυτοτήτων των κατοίκων ο Ανωγειανός Νίκος Σκουλάς ή Κιτσονίκος θα προσπαθήσει να φύγει για να ειδοποιήσει τους χωριανούς του. Οι Γερμανοί θα τον σκοτώσουν.Φθάνοντας στα Ανώγεια κυκλώνουν το χωριό, κάνουν έλεγχο στα σπίτια και παίρνουν ότι πολύτιμο βρίσκουν (τυριά-λάδι-πατάτες κτλ) και τα μεταφέρουν στο Ηράκλειο.

Παρά τις εκτελέσεις όμως και τις συχνές έρευνες, οι Γερμανοί δεν κατάφεραν να επιβάλλουν στα Ανώγεια τα ίδια μέτρα πειθαναγκασμού που είχαν τηρήσει σε άλλες περιοχές, αφού αποτυγχάνουν και στο μέτρο της επίταξης των κατοίκων για αγγαρείες, παρά το παραδειγματικό κάψιμο μερικών οικιών. Αρχικά οι Γερμανοί όρισαν 500 Ανωγειανούς για αγγαρεία. Στη συνέχεια επειδή οι Ανωγειανοί δεν πειθαρχούσαν περιόρισαν τον αριθμό σε 250, αλλά και πάλι η έλλειψη πειθαρχίας μετέτρεψε το μέτρο αυτό σε κενό γράμμα. Ολοκληρώνοντας το άρθρο αυτό σχετικά με την Αντίσταση στα Ανώγεια τα πρώτα χρόνια της Κατοχής σας παραθέτουμε παρακάτω το πρακτικό ίδρυσης της ΑΟΑ Ανωγείων τον Αύγουστο του 1941:

ΠΡΑΚΤΙΚΟΝ: Περί Ιδρύσεως Επιτροπής Εθνικής Απελευθερωτικής Δράσεως

Εν Ανωγίοις σήμερον την 15ην του μηνός Αυγούστου ημέραν Παρασκευήν και ώραν 20ην του 1941, οι υπογεγραμμένοι κάτοικοι Ανωγείων μυλοποτάμου: 1)Ιωάννης Στεφ.Δραμουντάνης, 2) Μιχ.Χρ.Ξυλούρης ή Χριστομιχάλης, 3)Νικολ.Γεωρ.Σταυρακάκης, 4)Παπαγιάννης Εμμ.Σκουλάς, 5)Γεώργιος Στ.Δραμουντάνης, 6)Νικόλ.Γ.Μανούσος ιατρός, 7)Κωνσταντίνος Αντ.Κουνάλης, ιατρός εν συνεργασία μετά του Ανθ/ρχου Δημ.Αθαν.Κίππη και του ιατρού Ελευθερίου Δρανδάκη εκ Ρεθύμνης συνελθόντες εις την οικία του πρώτου συνεσκέφθημεν και απεφασίσαμεν τ’ κόλουθα.

Λαβόντες υπ’ όψιν ότι το Έθνος και η Πατρίς διέρχονται την κρισιμωτέραν περίοδον της Ιστορίας και πεποιθόντες ότι οι Γόρδιοι Δεσμοί των ιστορικών αναγκών των Εθνών κόπτονται δια του Ξίφους των θυσιών.

Αποφασίζομεν

Την ίδρυσιν και συγκρότησιν Επιτροπής Εθνικής Απελευθερωτικής Δράσεως εκ των ανωτέρων προσώπων με Πρόεδρον αυτής τον Ιωάννη Στεφ. Δραμουντάνην και τους λοιπούς ως μέλη αυτής, ορίζοντες βασικούς σκοπούς ταύτης τα κάτωθι.

1) Να κινηθώμεν προς όλας τα κατευθύνσεις δια την ανεύρεσιν ικανών και επίλεκτων συνεργατών μεταξύ προσώπων απολύτως εξηκριβωμένης ηθικής και ψυχικής δυνάμεως, ακέραιου χααρακτήρα και δεδοκιμασμένων εθνικών φρονημάτων, προς οργάνωση των κατοίκων εις Ομάδας Εθνικής Απελευθερωτικής Δράσεως, δια να είμεθα έτοιμοι εις πάσαν στιγμήν ν’ αναλάβωμεν ένοπλον τον αγώνα προς ανάπτυξιν του ζυγού και αποκατάστασιν της Εθνικής Ανεξαρτησίας.

2) Να καλλιεργήσωμεν και να διατηρήσωμεν ακμαίον το ηθικό και το Εθνικόν φρόνημα του λαού, να εμψυχώσωμεν τους έχοντας ασθενή χαρακτήρα και να υποδαυλίσωμεν το μίσος και την αντίδρασιν κατά πάσης Διαταγής και ενέργειας του κατακτητού και των εθελοδούλων οργάνων του.

3) Να επιμεληθώμεν την περισυλλογήν  και διαφύλαξιν παντός πολεμικού υλικού, ίνα χρησιμοποιηθεί τούτο δια τας ανάγκας του Εθνικού Απελευθερωτικού Αγώνος.

4) Να παρέχωμεν οικονομική συνδρομήν και περίθαλψην εις τους τυχόν καταδιωκόμενους δια Πατριωτικάς πράξεις συνεργάτας μας και τα θύματα εξ ενεργειών του κατακτητού και να καλλιεργήσωμεν την ανάπτυξιν μεταξύ όλων του αισθήματος της αλληλεγγύης εκχωρούντες ημείς πρώτοι τας περιουσίας μας υπέρ του Εθνικού Απελευθερωτικού Αγώνος.

5)Να Εξακολουθήσωμεν την διατήρησιν της επαφής και της στενής συνεργασίας μετά των εν τη Νήσω Στρατιωτικών Αντιπροσώπων της Συμμάχου Μεγάλης Βρετανίας, παρέχοντες αυτοίς μέσω του Προέδρου της Επιτροπής και δια του εμπίστου αγγελιοφόρου μας Ιωάννη Σταύρου Μανουρά πάσαν παρ’ ημών και του εκαστάχου της Νήσου συνεργατών μας συλλεγομένην πληροφορίαν περί τας δυνάμεις, των κινήσεων των μυστικών σχεδίων και των εν γένει Πολεμικών Μηχανισμών του Κατακτητού.

6)Να εξακολουθήσωμεν την φροντίδα περισυλλογής και περιθάλψεως των εν τη νήσω Άγγλων Στρατιωτικών παρέχοντες εις αυτούς πάσαν συνδρομήν και διευκόλυνσιν δια την επάνοδον των εις τας τάξεις των. Τους ανωτέρω σκοπούς θέλομεν επιδιώξει χωρίς να ορρωδήσωμεν προ ουδενός κινδύνου αλλά θα εξακολουθήσωμεν απτόητοι τον αναληφθέντα και παραμένοντες πιστοί και άξιοι εις τον όρκον μας , θα προχωρήσωμεν εμπρός, ομόθυμοι ηνωμένοι,αλληλέγγυοι και αδελφωμένοι μέχρι θανάτου.

7)Άπαντες ομνύομεν τον κάτωθι όρκον καθιερωθέντα ως τοιούτον της Οργανώσεως Εθνικής Απελευθερωτικής Δράσεως.

8)”Ορκίζομαι να τρέφω αιώνιον μίσος εναντίον του κατακτητού και να βλάπτω αυτόν παντού κατά τας επιταγάς του Εθνικού συμφέροντος.”

9)Το παρόν συνετάχθη ευκρινώς εις επήκοους πάντων, επικυρούται δια της υπογραφής αυτών.

Ο Πρόεδρος Ιωάν.Δραμουντάνης ή Στεφανογιάννης

Ο Ειδικός Σύμβουλος Δημ.Α.Κίππης

Τα μέλη Μιχ.Χρ.Ξυλούρης ή Χριστομιχάλης, Νικ.Γ.Σταυρακάκς, Παπαγιάννης Ε.Σκουλάς, Γεωρ.Σ.Δραμουντάνης,Νικ.Γ.Μανούσος,Κων.Α.Κουνάλης